По мнению Менделеева, монархия является наиболее естественным для России способом правления.

Вместе с тем Менделеев считал необходимым существенно реформировать государственный аппарат России, сделать его более гибким, оперативным, быстро реагирующим на изменения в обществе и в мире. Этому посвящена вся девятая глава "Заветных мыслей".

В частности, Менделеев предлагал, чтобы Государственный совет получил право законодательной инициативы; чтобы назначаемый царем канцлер (премьер-министр) сам подбирал себе министров и высших государственных чиновников; чтобы при кабинете министров был учрежден, в видах "самопознания администрации",

Государственный статистический комитет, который будет представлять ежегодные отчеты о государственных доходах и расходах, "о ходе народного образования, о состоянии путей сообщения, торговли внутренней и внешней, горной, ремесленно-фабрично-заводской и торговой" сфер, отбирая необходимые сведения через работников своих и других ведомств, а также через земства; чтобы было создано особое министерство промышленности; чтобы "основанием государственных доходов служили первее всего косвенные обложения предметов не первой необходимости: спиртных напитков, табака, сахара, чая и т. п. ... , таможенные сборы, прогрессивный налог на денежные (акционерные и т. п.) капиталы (но не подоходный налог)"; чтобы была дана самостоятельность органам местного самоуправления.

Реорганизацию структуры и функций госаппарата Менделеев рассматривал в контексте тонкого и сложного вопроса о пределах государственного вмешательства в экономику. К основным формам такого вмешательства он относил: владение казенными фабриками и заводами, землей, полезными ископаемыми (главные энергетические ресурсы страны, - во времена Менделеева это прежде всего запасы каменного угля, - "должны быть не частною, а общегосударственною собственностью, только эксплоатируемою отдельными членами государственной семьи, потому что в угле спрятана такая же энергия страны, как в ее войске"); прямые финансовые субсидии и премии; налоговую политику; обеспечение и удешевление промышленного и торгового кредита; поощрение конкуренции, содействие развитию мелких предприятий; развитие путей сообщения; распространение знаний; пересмотр законов и условий ведения хозяйственных дел; таможенный протекционизм.

В товарном хозяйстве, по мысли Дмитрия Ивановича, рынок и государство не исключают, а дополняют друг друга. Государство является важным звеном, выражающим интересы, промежуточные между индивидуальными и общечеловеческими, и служит "орудием для развития общенародного благосостояния".

В силу того, что в России "не сложилось еще среднее сословие, без которого дальнейшая жизнь страны невозможна", его функции отчасти брала на себя государственная бюрократия. Государственное вмешательство в экономику необходимо было также и для установления и поддержания необходимых пропорций между различными сферами хозяйственной деятельности.

Обсуждая вопрос о желательном устройстве правительства, Менделеев касается и темы свободы. По его мнению, если правительство поставит себе целью повысить народное благосостояние (а это можно сделать только развивая промышленность, науку и образование) - то тогда "нельзя будет обойтись без роста многих видов свободы, хотя легко можно обойтись без забастовок и всяких обычных видов уличного политиканства. Свобода для труда (а не от труда) составляет всякое благо. ... Россия, взятая в целом ... доросла до требования свободы, но не иной как соединенной с трудом и выполнением долга".